Os X El Capitan - Macbook Pro no se apaga del todo.

Hola a todos, tal vez les parezca familiar éste asunto pero déjenme explicarles, y espero me puedan ayudar.
Tengo una Macbook Pro, llevo con ella mas o menos como 1 mes y medio o 2. La compré mas que nada para la universidad y para los programas que utilizo que son de edición de audio y producción musical. La verdad son un poco caros éstos programas así que pude contactar a una persona que me los pudiera instalar "crackeados" o si quieren llamarlo mas vulgarmente "piratas" . Funcionan al 100% y son buenos, pero después de instalarlos noté en mi Macbook como algo extraño, una de esas cosas es que no se puede apagar a veces; le pico en el icono de la manzana y pongo apagar equipo, y de repente la barra desaparece pero no se apaga, el dock sigue mosntrandose y puedo navegar por internet, así que tengo que apagarla apretando el botón de encendido/apagado, siento que si sigo haciendo esto, tendrá consecuencias a futuro. Ya he leído en varias partes que restablezca los permisos de la utilidad de discos, pero para mi software que es "Os X el capitán" no puedo hacerlo por que se supone que se hace automáticamente. Así que ya no sé que mas hacer, les pido alguna ayuda, seria grandioso. Y otra cosa ¿Es malo instalar programas piratas en una Macbook Pro? ¿O eso no tiene nada que ver? ¿Afectan el funcionamiento de la computadora? De antemano les doy las gracias por haber leído ésto y suerte a todos. Espero una respuesta.